يكون للهيئة أمانة عامة تتولى تصريف شئونها برئاسة أمين عام يعين لمدة ثلاث سنوات قابلة للتجديد لمرة واحدة فقط، ويتولى القيام بما يلي :-
إعداد الاستراتيجيات اللازمة لتحقيق أهداف الهيئة وتنفيذها بعد اعتمادها.
إعداد الخطط طويلة المدى والسنوية لنشاطات الهيئة في ضوء الأهداف الاستراتيجية المعتمدة لها ومتابعة تنفيذها بعد اعتمادها.
إعداد مشروع الموازنة السنوية للهيئة ومتابعة تنفيذها بعد اعتمادها.
الإشراف على إعداد اللوائح الفنية والمواصفات القياسية وإجراءات تقويم المطابقة الخليجية وبالتعاون والتنسيق مع أجهزة التقييس للدول الأعضاء.
إعداد مشاريع الأنظمة واللوائح والأدلة الفنية للهيئة والإدارية والمالية للأمانة العامة والإشراف على تنفيذها بعد اعتمادها.
التنسيق مع أجهزة التقييس لدول المجلس بخصوص انتداب الخبراء والفنيين العاملين فيها للمشاركة في إنجاز نشاطات الهيئة.
تعيين موظفي الهيئة واعتماد كافة قرارات شئون الموظفين في الهيئة وفق لائحة سياسات وإجراءات شئون الموظفين المعتمدة.
اقتراح رؤساء وأعضاء اللجان الفنية المختصة بأنشطة التقييس وفقاً للترشيحات التي ترد إليه من الدول الأعضاء.
تمثيل الهيئة لدى الغير.
التحضير لاجتماعات مجلس الإدارة والمجلس الفني ، وإعداد جداول أعمالهما.إعداد التقارير الدورية عن نشاطات وإنجازات الهيئة والمشكلات والصعوبات التي تعوق مسيرتها وتقديم التوصيات الكفيلة بتطويرها.
تنفيذ المهام التي يكلف بها والصلاحيات التي تسند إليه من قبل مجلس الإدارة والمجلس الفني.